NMR 스펙트럼 분석을 위해 유용한 사이트!
2009. 10. 2. 20:39ㆍ화학
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NMR DB
NMR은 유기 분자의 구조를 추측하는데 유용한 기기이다. 0이 아닌 핵스핀을 가지는 핵종들의 자기장안에서의 spin 의 변화를 가지고 분자에 대해서 측정하게 되는데 대표적으로 Proton NMR이 있고, 13 Carbon 을 이용한 NMR도 있다. 최근에는 시료의 양이 적더라도 측정이 가도록 한 FT-NMR 등도 있어서 기기의 기술은 날로 발전 중에 있다. 어떤 시료에 대한 측정 뿐 아니라 분석 또한 중요한 일인데 이를 위해서 NMR이 사용된 이후 수 많은 자료가 Database화되서 구축돼 있을 것이다. 최근에 NMR에 대해서 공부하면서 주어진 화학식과 NMR 스펙트럼을 보고 이 화합물이 어떤 것일지 유추하는 문제를 풀게 됐다. 화합물들이 간단한 것도 있었지만 간단하지 않은 것들은 구조를 유추하기가 쉽지 않았는데 인터넷의 도움을 받고자 검색하면서 nmrdb라는 사이트를 찾게 됐다.
http://www.nmrdb.org의 주소를 가지는 nmrdb사이트에 접속하게 되면 위 캡쳐화면과 같은 메인 화면이 나오게 된다. nmrdb.org라는 타이틀 아래 메뉴들이 있는데 about, search, nmr resurrector, nmr assigner, nmr predictor, links, contact 다음과 같다. 나는 nmr predictor만 사용해서 다른 기능들은 아직 잘 모르겠다. 아무튼 내가 문제에 주어진 화합물의 구조를 생각해본 후에 nmr predictor 라는 메뉴를 들어가서 내가 만든 구조와 nmr 스펙트럼이 맞는지 확인해 볼 수 있다.
nmrdb.org 홈페이지에서 nmr predictor 라는 메뉴를 누르고 화면을 이동하게 되면 위 캡쳐화면과 같은 화면을 확인할 수 있게 된다. 내가 유추한 구조의 nmr 스펙트럼을 확인해보기 위해서는 위 화면에서 보이는 How to proceed? 라고 써있는 부분을 주목해서 볼 필요가 있다. 그 글귀 밑에 보면 구조를 그릴 수 있는 순서를 알려주고 있다. 그곳을 보면 Draw a molecule 이라고 링크가 돼있는 부분이 있다. 그 부분을 클릭하면 다음과 같이 하나의 팝업창이 뜨게 된다.
Draw a molecule 을 클릭하면 위와 같은 팝업창이 뜨게되는데 스마일 표시가 있고, 그 옆에 CLR이라고 쓴 부분은 전체적으로 지우는 기능이고, DEL 은 구조 하나하나씩을 지우는 기능이다. 그외에 ㅡ 하나는 단일 결합을 그 옆에는 이중결합, 삼중결합, 삼각, 사각, 오각, 육각 고리 형태의 구조를 만들 수 있고, Aromatic ring 도 그릴 수 있다. 자신이 유추한 구조를 위와 같은 기능을 이용해서 자유롭게 그릴 수 있다. 간단한 예로 Bezene을 그려봤다. 
육각고리이며 3개의 이중결합을 포함하고 있는 Benzene을 그리고 Submit Molecule 이라는 버튼을 누르게 되면, NMR predictor 메뉴 메인 왼쪽 창에 벤젠 고리가 뜨면서 하나의 peak이 뜨는 것을 볼 있다. 
내가 넣은 Benzene이 Aromatic ring 주위의 Proton 이 나타내는 peak을 확인 할 수 있다. Benzene에 있는 proton은 모두 동등 proton 이기 때문에 하나의 Peak을 보이고 Chemical Shift 값은 7-7.5 ppm 사이에 있다. 왼쪽 메뉴에 보면 S 자모양으로 된 아이콘을 클릭하면 Peak이 나타내는 면적을 적분할 수 있는 기능인데 Benzene의 경우 1을 가지는 것을 확인할 수 있다. 위에 소개한 방법으로 자신이 찾고자 하는 Compound나 molecule의 구조의 NMR peak을 유추해 볼 수 있다. 아직 이 사이트의 모든 기능을 써본 것은 아니지만 정말 유용한 사이트이다.
주소 : http://www.nmrdb.org
이 사이트를 이용하기 위해서 점검해야할 것!
이 nmrdb.org 사이트를 유용하게 사용하기 위해서는 Java가 반드시 설치 돼 있어야 한다. 위 캡쳐화면이 Java를 다운받을 수 있는 홈페이지 인데 Java가 설치돼 있지 않으면 구조를 그리는 것을 전혀 사용할 수 없기 때문에 반드시 설치하길 바란다. Java를 다운받을 수 있는 홈페이지의 주소는 http://www.java.com/ko/ 위와 같다. 꼭 설치하기를 바란다!
NMR은 유기 분자의 구조를 추측하는데 유용한 기기이다. 0이 아닌 핵스핀을 가지는 핵종들의 자기장안에서의 spin 의 변화를 가지고 분자에 대해서 측정하게 되는데 대표적으로 Proton NMR이 있고, 13 Carbon 을 이용한 NMR도 있다. 최근에는 시료의 양이 적더라도 측정이 가도록 한 FT-NMR 등도 있어서 기기의 기술은 날로 발전 중에 있다. 어떤 시료에 대한 측정 뿐 아니라 분석 또한 중요한 일인데 이를 위해서 NMR이 사용된 이후 수 많은 자료가 Database화되서 구축돼 있을 것이다. 최근에 NMR에 대해서 공부하면서 주어진 화학식과 NMR 스펙트럼을 보고 이 화합물이 어떤 것일지 유추하는 문제를 풀게 됐다. 화합물들이 간단한 것도 있었지만 간단하지 않은 것들은 구조를 유추하기가 쉽지 않았는데 인터넷의 도움을 받고자 검색하면서 nmrdb라는 사이트를 찾게 됐다.
http://www.nmrdb.org의 주소를 가지는 nmrdb사이트에 접속하게 되면 위 캡쳐화면과 같은 메인 화면이 나오게 된다. nmrdb.org라는 타이틀 아래 메뉴들이 있는데 about, search, nmr resurrector, nmr assigner, nmr predictor, links, contact 다음과 같다. 나는 nmr predictor만 사용해서 다른 기능들은 아직 잘 모르겠다. 아무튼 내가 문제에 주어진 화합물의 구조를 생각해본 후에 nmr predictor 라는 메뉴를 들어가서 내가 만든 구조와 nmr 스펙트럼이 맞는지 확인해 볼 수 있다.
nmrdb.org 홈페이지에서 nmr predictor 라는 메뉴를 누르고 화면을 이동하게 되면 위 캡쳐화면과 같은 화면을 확인할 수 있게 된다. 내가 유추한 구조의 nmr 스펙트럼을 확인해보기 위해서는 위 화면에서 보이는 How to proceed? 라고 써있는 부분을 주목해서 볼 필요가 있다. 그 글귀 밑에 보면 구조를 그릴 수 있는 순서를 알려주고 있다. 그곳을 보면 Draw a molecule 이라고 링크가 돼있는 부분이 있다. 그 부분을 클릭하면 다음과 같이 하나의 팝업창이 뜨게 된다.
내가 넣은 Benzene이 Aromatic ring 주위의 Proton 이 나타내는 peak을 확인 할 수 있다. Benzene에 있는 proton은 모두 동등 proton 이기 때문에 하나의 Peak을 보이고 Chemical Shift 값은 7-7.5 ppm 사이에 있다. 왼쪽 메뉴에 보면 S 자모양으로 된 아이콘을 클릭하면 Peak이 나타내는 면적을 적분할 수 있는 기능인데 Benzene의 경우 1을 가지는 것을 확인할 수 있다. 위에 소개한 방법으로 자신이 찾고자 하는 Compound나 molecule의 구조의 NMR peak을 유추해 볼 수 있다. 아직 이 사이트의 모든 기능을 써본 것은 아니지만 정말 유용한 사이트이다.
주소 : http://www.nmrdb.org
이 사이트를 이용하기 위해서 점검해야할 것!
이 nmrdb.org 사이트를 유용하게 사용하기 위해서는 Java가 반드시 설치 돼 있어야 한다. 위 캡쳐화면이 Java를 다운받을 수 있는 홈페이지 인데 Java가 설치돼 있지 않으면 구조를 그리는 것을 전혀 사용할 수 없기 때문에 반드시 설치하길 바란다. Java를 다운받을 수 있는 홈페이지의 주소는 http://www.java.com/ko/ 위와 같다. 꼭 설치하기를 바란다!
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